11 флотилия подводных лодок Северного флота была создана в 1974 году.
Управление 11 флпл создано на базе управления Йоканьгской военно-морской базы Северного флота ВМФ СССР.
В состав 11 флпл включены объекты и тыл Йвмб, 59 район Гидрографической службы, ПРЗ, 17 дпл, а также новое соединение арктических подводных ракетоносцев - 41 дпл.
В состав 11 флпл из Йвмб переданы также дивизион тральщиков, дивизион сторожевых кораблей, береговая артиллерия и система постов наблюдения и связи. На их основе создана 2 бригада овра в составе 11 флпл.
За 11 флпл оставлена обширная зона ответственности Баренцева моря, ранее обеспечиваемая Йвмб. В этой зоне за 11 флпл сохранено управление силами, кроме подводных лодок.
Перед формированием 11 флпл была расформирована 162 брпл, дизельные подводные лодки переданы в состав Балтийского и Черноморского флотов.

11 флотилия подводных лодок Северного флота была расформирована в июле 1995 г.
На её основе создана Йоканьгская военно-морская база Северного флота ВМФ РФ.